1999년 1월 4일 금융감독원이 출범했다. 은행감독원, 증권감독원, 보험감독원 그리고 신용관리기금 등 부문별 감독기관들을 통합한 거대 감독기관이 설립된 것이다.
 

▲  사진 좌로부터 전철환 한국은행 총재, 이규성 재경부 장관, 김종필 국무총리, 이헌재 금감원장, 김중위 국회의원

 
97년말 입법화된 이후 금융감독위원회 산하에 흡수돼 지낸 감독기구들이 하나로 뭉쳐 새로운 출발을 하게 된 것이다.
 
무자본 특수법인 형태로 설립된 금융감독원은 최고의 의사결정기구인 금융감독위원회의 정책을 보좌하고 수행하는 집행기구로 금융기관의 업무 및 재산상황에 대한 감독과 검사 및 제재업무를 수행한다. 
 
출범 초기 금감원의 조직은 36개국, 6개실 등 총42개 부서로 구성됐다. 과거의 기관중심에서 기능중심으로 편성된 게 특징이다. 
 
다만 감독업무나 검사기능과 관련된 세부조직은 은행, 증권, 보험, 비은행금융기관 등으로 구분해 각 금융권별 전문성을 유지토록 했고, 제재, 소비자 보호, 일반관리 및 감독업무지원 기능은 세부 기능에 따라 재구분했다.
 
또한 통합에 따른 시너지 효과를 내기 위해 각 금융권별 업무를 총괄·조정하는 기능을 전담하는 감독업무부문과 검사부문에 각각 두어 각 금융권간에 감독·검사업무의 일관성을 확보하는 동시에 조정 및 방향설정 기능을 강화했다. 
 
전반적인 업무운영에 있어 금융감독원의 집행간부 중 부원장보는 금융감독원장의 스텝기능을 주로 수행토록 했고 실제업무는 부서장 중심으로 이뤄지도록 해 업무를 신속하고 효율적으로 추진할 수 있도록 했다.
  
초대 금융감독원장에는 이헌재씨가 임명됐다. 이 원장은 화려하게 김대중 정부의 각료로 출발하게 되어 이후 IMF 체제에서 한국의 금융과 산업 구조조정을 지휘하는 중요한 업무를 맡았다.
  
이헌재 당시 금융감독원장은 경기고 서울대를 졸업하고 대통령 경제비서실 그리고 한국신용평가 대표이사 사장, 18대 은행감독원장, 8대 증권감독원장을 지냈으며, 이후 초대 금융감독원장, 3대·7대 재정경제부 장관, 부총리를 역임했다. 
 
출범 초기 금융감독원은 임원 및 국장 등 대폭적인 인사 물갈이가 이뤄졌다. 
 
부원장 3명과 부원장보 7명으로 구성한 금감원 임원진에는 기존 4개 감독기관 임원 14명 가운데 한명만 남았고, 5명이 내부 승진했으며 나머지는 외부에서 영입했다. 
 
이는 대대적인 물갈이를 단행해 새로운 금융감독기구를 만들겠다는 이헌재 금감원장의 의지가 반영됐다.
  
부원장에는 김상훈 은행감독원 부원장보가 유일하게 남아 승진했으며, 이정재 예금보험공사 전무와 금감위 비상임 위원으로 활동한 강병호 한양대 교수가 부원장으로 영입됐다. 
 
강병호 부원장과 최장봉 부원장보는 감독 및 인허가 부문을 맡았다. 
 
또 김상훈 부원장과 김성희 부원장보는 검사부문을 맡고, 이정재 부원장은 총괄 및 기획부문, 임용웅 부원장보는 심의제재국 조사 소비자 보호, 정기홍 부원장보는 기획조정국과 조사연구국을 맡았다.
  
그리고 오갑수 부원장보는 국제부문, 김영재 부원장보는 증권과 공보부문, 김기홍 부원장보는 보험부문을 각각 담당했다.